Le SA-X est en réalité un virus X qui a infecté Samus lors d'une mission de protection qui a eu lieu sur SR388. Ce virus X s'infiltra dans le corps de Samus et la tuait de l'intérieur. Les chercheurs durent retirer des fragments de son armure chirurgicalement pour essayer de la maintenir en vie. Mais le X était trop profond pour être annihilé. In extremis, les chercheurs mirent au point un vaccin à base de l'ADN de la dernière larve Metroïde récupérer sur SR388. Ainsi, Samus fut sauvée. Les fragments de son armure furent envoyés à une station appartenant à la compagnie B.S.L (Laboratoires Spatiaux Biométrix). Une explosion dû à une Bombe de Puissance a brisé la plupart des caisses, dont celle où se trouvait les fragments infecté par le X. SA-X est donc né et est doté du Costume de Puissance et son arsenal. Privée de toutes ses capacités, Samus va tout faire pour l'anéantir. Pour cela, elle devra récupérer ses anciennes aptitudes et trouver le Rayon de Plasma, la seule arme capable de pulvériser cet ennemi qui a la possibilité de se multiplier.